始建於南北朝宋武帝永初年間（420-422年），迄今已近1600 年歷史，是目前漳州已知最早的寺廟，傳說唐武宗會昌四年（844年），太子李忱，隨高僧斷濟禪師雲遊全國，曾到龍池岩。喜此間山幽林密，石稜泉冽，因而解衣暢浴，暑氣全消，因賦詩雲「惟愛禪林秋月空，誰能歸去宿龍宮；夜深聞法餐甘露，喜進蓮花世界中」。因「真龍」入池，故曰「龍池岩」。後又在泉上建一座石拱橋，刻「躍龍」二字。

寺里華圃講堂碑記記載，唐時進士謝氏兄弟，曾在此苦讀詩書；五代時主簿洪文用等都隱居於此。宋進士楊志為紀念先賢事跡，建立「三賢堂」以祀之。

宋代理學家朱熹於紹興十八年（1148年）登進士第，授同安主簿時，慕「三賢堂」之名，曾登臨遊覽，後在龍池岩建立玉屏講堂，四方學子紛紛來岩求教。朱熹在治學中，因觀書有感，題詩雲：「半畝方塘一鑒開，天光雲影共徘徊，問渠那得清如許，為有源頭活水來。」玉屏講堂影響所及，附近不少鄉村，也相率以公有書田收益，在此岩營造書捨，供其子弟就學。傳說書捨共有九十九間，傍山而築，鱗次櫛比，雄偉壯觀。朱子為其題下「溪山第一」匾額，並易名「華圃書院」，成為古代閩南聞名學府。

還有一座「拍門祠」，為朱子居住遺址。相傳朱子曾教育學生：對師長應講禮貌，凡有所求教，必先拍門，得到許可，方能進入。祠旁石上刻有「拍門」二字。

明洪武元年（1368年）名儒胡宗華也曾在此設館授徒。翠林鄭深道、埔尾林魁，俱從此修學成名。

清順治九年（1652年）三月，閩浙總督陳錦，帶兵數萬駐紮同安與防守江東一帶的鄭成功部對峙，鄭成功則在龍池岩伏兵應戰。有一次兵力部署之後，略有餘暇，與部將陳澤在此石上下棋，局未終而戰發，接戰後，鄭軍大勝。事後白礁城人為了紀念鄭成功戰績和情趣，潘正昌在石上鐫「涉趣」二字。

此外，在寺廟周圍的壘壘巨石上，還保留有宋代朱熹題刻的「寒竹風松」、王楷題刻的「丹灶石」、清代黃文川題刻的「松徑風清」、「伏龍岩」、「月魄涵江」，黃對楊題刻的「清河濯纓」等摩崖石刻和碑記共20余處。