開基保生二大帝自移駕學甲後，神明威靈顯著，遐邇傳聞，香火益盛，四方善男信女仰賴而來行香者，絡繹不絕，神明乃「相關地勢」，剛好鹽水岸內有一趙姓信徒，為感念大帝替其禳災之恩而獻廟地，乃於現址鳩工興建大帝來台後首座廟宇，各地善男信女聞風，同心協力，解囊捐獻，宮殿遂告竣工。
至於在臺灣建廟年代，各誌書紛難定，茲列舉於此：
《臺南縣志》卷一自然志云：「學甲鄉本為西拉雅平埔社，所以有後社、中社、下社仔之地名。唯漢人入墾甚早，康熙三十二年(西元一六九三年)由張茂獲准開墾。在乾隆年間已建有『慈濟宮』，奉祀保生大帝。」
民國十五年(西元一九二六年)，日人所編篡的《學甲庄鄉土誌》所述：「本庄居民大學在三百多年前，由中國福建省的謝姓、李姓，以及泉州陳姓、吳姓及劉姓等渡台開墾。」「『慈濟宮』：清嘉慶十一年(西元一八○六年)，庄民董事謝金玉、莊盛、林鳴鶴等三名捐款二千圓，並倡導募捐建立，奉祀保生大帝。
《諸羅縣誌》卷十二雜記志「寺廟」條有「慈濟宮」的記載：「保生大帝廟，在縣治西門外，康熙四十年(西元一七○一年)耆老募建，祀真君也。」
據本廟於民國十八年(西元一九二九年)所撰述的「慈濟宮沿革碑記」所云：「我慈濟宮有祀保生大帝、謝府元帥、中壇太子諸神佛，已歷二百六十八年星霜矣，溯自前清康熙時代，學甲村落尚屬草創，居民鮮少，先是有李姓，由祖國白礁挈眷來台，並迎請前三座神像同渡，逐寓居於學甲下社角，當是時，建草庵而祀焉。其威露顯赫，凡水旱癘疫，悉為吾民禳除。」「嗣因保生大帝神威顯赫，香火益盛，乃於清康熙四十年(西元一七○一年)改建堂皇廟宮。」
另外在民國七十二年(西元一九八三年)落今的學甲鎮下社角「白礁宮」，其建廟碑記，也出現一段和「慈濟宮」建廟有關的文字：「明末鄭成功偕忠貞軍民來台，本下社角第一代世祖李勝，由白礁慈濟宮恭奉開基二大帝、謝府元帥、中壇太子保護忠貞軍民於學甲西方頭前寮溪岸登陸，在下社角定居。當時學甲慈濟宮的廟地，原為鹽水岸內一趙姓者所有，鎮守營斗而安然無映，因而發願將其擁有之地(即現在慈濟宮廟地)恭獻大帝建廟，乾隆年(西元一七四三年)建造草庵為廟，奉祀大帝。」
廟貌景觀以清咸豐10年(西元1860年)交趾陶大師葉王的壁堵、屋頂裝飾，及西元1929年的剪黏師何金龍所主持的壁堵裝飾，與潘麗水先生所繪的門神最為出色，而廟前旗杆地上63尺地下9尺，是台灣保存最久最雄偉的大旗杆。